本发明公开了一种氢燃料电动车安全防护系统及方法，属于氢燃料电动车安全技术领域。包括第一容腔，设置在所述第一容腔内部的储氢器，第二容腔，设置在所述第二容腔内的氢燃料电池电堆和安全管理模块，以及设置在所述第一容腔和/或第二容腔内的应急处理装置；所述的储氢器与所述的氢燃料电池电堆之间通过气路连接，所述气路依次通过快速接头、流量计和压力表；所述应急处理装置、流量计、和压力表均与所述安全管理模块信号连接。本发明通过获得的储氢器的实时流量，从而及时发现氢气泄露，并具有对氢气泄漏的应急处理功能，能及时进行预警，避免危害的发生。