本发明公开了一种基于漏磁特征的变压器匝间保护方法及系统，该方法根据低压绕组匝间短路下的漏磁分布确定漏磁变化动作值ΔBa1，根据励磁涌流与外部故障下的漏磁分布确定漏磁变化动作值ΔBa2；漏磁传感器采集所处位置的漏磁变化量，当任一的漏磁变化量绝对值大于ΔBa1且该相漏磁对称，则判断三相测得的漏磁变化量绝对值是大于还是小于ΔBa2；若三相均小于ΔBa2或仅存在一相大于ΔBa2，则判定为该相发生匝间短路故障，保护动作；若存在两相或三相大于ΔBa2，则判定为发生非匝间短路故障，保护闭锁；本发明能够灵敏、快速地识别轻微匝间故障的故障相和区域的同时，排除励磁涌流及外部干扰的影响，在励磁涌流及外部短路情况下实现保护可靠不动作。