本发明提供了一种多工位料箱堆垛机控制方法，属于堆垛机控制技术领域；解决了现有的多工位堆垛机采用梯形图或语句表的方法时有窜指令、指令中断等问题；在堆垛机载货台上布置了至少三个料箱工位，每个料箱工位上配备一套货叉，每套货叉由独立的电机驱动，包括如下步骤：上位WCS发送入库或出库指令，堆垛机根据WCS发送的指令内容构建初始指令集表；根据初始指令集表生成对应工位的初始动作集表；根据初始动作集表生成多个工位对应执行的初始当前动作表；堆垛机根据当前动作表执行入库取货台或出库送货台的列、层定位，根据入库或出库所需料箱数量控制一个或多个料箱工位进行取货，并实时更新指令集表、动作集表、当前动作表；本发明应用于堆垛机。