本申请提供一种PFC变换器控制系统及其控制方法，包括锁相环、相位修正模块、电压环、乘法器、电流环、PWM信号生成模块，锁相环根据实时电压信号获得正弦基准信号；相位修正模块计算相位修正量，并根据相位修正量对正弦基准信号的相位进行修正；电压环将PFC变换器的输出电压与参考电压相减后进行PI调节；乘法器根据修正后的正弦基准信号和PI调节后的电压信号得到参考电流；电流环将参考电流与PFC变换器中的电流信号相减后进行PI调节。本申请技术方案采用相位修正方法对电流环参考电流相位进行了优化，解决了现有技术中采用平均电流控制导致电流波形存在畸变以及在轻载下导致功率因数会降低的问题。