本发明公开了一种民航机场机坪U型区运行性能综合评估方法及系统，方法包括以下步骤：步骤1，分析机坪U型区的物理结构特征与交通运行特征，根据多元化的机坪U型区运行规则与航班运行程序，建立机坪U型区交通运行模型；步骤2，从安全、容量、效率、环保视角，构建多维度的机坪U型区性能评估指标体系，提出各类指标的度量方法；步骤3，集成开发机坪U型区运行仿真模型，综合对比不同类别U型区运行程序的性能优劣，最终生成最优的机坪U型区运行程序。本发明有利于推动实现机坪运行资源的集约化利用与运行效率的最大化提升，有利于降低机坪进离场航空器燃油消耗和气体排放，有利于促进大型繁忙机场节能减排。