本发明涉及一种在线污水中病毒富集检测系统及方法。采用本发明可有效降低水中病毒富集及检测成本、减少实验人员与样本的高频接触，在避免样品交叉污染的同时，实现自动化批量采集水样、富集并检测水中病毒的目的。本发明提供的系统及方法，通过设置絮凝处理单元、离心分离单元、络合溶解单元、病毒提取与核酸检测单元，采用4通道同时运行，实现样品采集、样品反应与反应容器消毒、反应液离心分离、络合溶解絮凝体、病毒自动核酸提取及检测同时进行，可减少实验人员工作量、提升效率。而且，本发明能够节省等待时间、减少实验人员接触样本的频率，从而降低操作人员感染风险、减少环境污染。