本发明涉及一种驱动装置与医疗检测系统，驱动装置包括主轴、第一动力机构与驱动块。主轴设有第一通孔，第一动力机构与主轴相连，用于驱动主轴绕其轴线转动。驱动块与主轴相连，驱动块用于带动微流控卡盒的旋转阀转动，以使微流控卡盒的主腔室选择性地与其中一个从腔室相连通，驱动块设有与第一通孔相连通的第二通孔。第一通孔与第二通孔能用于装设抽排液机构或者抽排液机构的抽排管。如此可见，便无需在微流控卡盒上设置较多的电磁阀、软管及接头，这样能有利于简化微流控卡盒的产品结构，降低成本，提高可靠性。