本发明提供一种氧化苦参碱和氧化槐果碱混合物的分离纯化方法，包括：将氧化苦参碱和氧化槐果碱的混合物进行重结晶处理，得到氧化苦参碱和氧化槐果碱的混合结晶；将氧化苦参碱和氧化槐果碱的混合结晶以反相硅胶为固定相进行柱层析分离，以乙腈‑氨水为流动相进行梯度洗脱，分部收集洗脱液，得到氧化苦参碱粗品和/或氧化槐果碱粗品；将氧化苦参碱粗品和/或氧化槐果碱粗品进行重结晶，得到氧化苦参碱单体和/或氧化槐果碱单体。本发明方法可操作性好，重复性好，且不使用高危化学试剂，即可同时得到两种高纯度的产品。