本发明属于综合能源系统技术领域，提供了一种用户综合能耗优化控制方法及系统。该方法包括，获取用户能耗数据、用户能耗数据的消耗类型和用户的综合能源需求；基于用户能耗数据、用户能耗数据的消耗类型和用户的综合能源需求，得到系统的优化方案；获取系统技术参数和运行策略中的协同优化变量；对系统的优化方案、技术参数和运行策略中的协同优化变量进行性能分析，得到性能分析结果；构建目标函数，采用目标函数判断性能分析结果是否满足设定条件，若是，得到优化结果，否则，采用求解算法重新调整系统技术参数和运行策略中的协同优化变量。