一种超高水头船闸自均衡出流输水系统，包括闸室、位于闸室两侧的主廊道、位于闸室中部的第一分流口、分别位于闸室长度1/4和3/4处的第二分流口，第一分流口的出口通过中支廊道与第二分流口连通，第二分流口与出水支廊道连通；出水支廊道中部用隔板分为独立的上层出水支廊道与下层出水支廊道，上层出水支廊道的进水口位于第二分流口端，下层出水支廊道的进水口位于远离第二分流口的另一端，与第二分流口采用衔接廊道衔接。本发明通过将2条进流方向相反的出水支廊道进行叠放，利用多支孔出流自身规律，达成上下层支廊道出水孔出流互补，获得全输水过程中全出水区域自动均衡出流的效果，提高船舶过闸安全性，提高闸室输水效率增加客货运量。