本发明公开了基于间日疟重组蛋白的疟疾血清学监测方法，涉及疟疾监测技术领域，其技术方案要点是：将间日疟原虫裂殖子表面蛋白MSP‑119和环子孢子蛋白CSP作为特异性抗原包被在蛋白质芯片上，通过倍比稀释法筛选抗原并确定滤纸血洗脱血清稀释倍数和筛选抗原的最佳包被浓度，具体包括以下步骤：S1、芯片点制；S2、滤纸干血滴样本洗脱；S3、确定抗原包被浓度和滤纸血洗脱血清稀释倍数。本发明的方法是基于蛋白质芯片技术的疟疾血清学监测方法，该方法的敏感性高，检出效率好，对高风险阴性人群检出率高，能筛选出既往疟疾感染史人群；同时，该方法的特异性和板间操作一致性好，可作为疟疾消除和消除后阶段高效的血清学监测工具。