提供了一种孤岛微电网系统及其储能单元VSG逆变器的控制方法，所述系统包括：多个储能单元，并联连接至孤岛微电网的交流母线；至少一个负荷单元，电气连接至所述孤岛微电网的交流母线；其中，所述多个储能单元通过所述交流母线向所述至少一个负荷单元提供电能；其中，每个储能单元包括各自的VSG逆变控制器，所述VSG逆变控制器被配置为：在所述负荷单元与所述交流母线连接或者断开的瞬间，分别设置所述储能单元的复合有源阻尼，使得各个储能单元向所述交流母线输出的瞬态输出电流与各个储能单元的容量匹配。