本发明公开了一种基于LabVIEW的多通道微弱电容检测系统及其方法，属于自动化测量技术领域，本发明包括电容数字转换芯片、多路复用器、单片机、上位机和若干个微电容，所述的电容数字转换芯片通过I2C通信线与单片机相连接，所述的电容数字转换芯片通过I2C通信线与单片机相连接；所述的多路复用器一端上的多路输入口与微电容的其中一个引脚连接，所述的多路复用器的另一端与电容数字转换芯片的CIN1+相连接，且所述电容数字转换芯片与微电容的另一个引脚相连接；所述的单片机与上位机通过USB串口通信线相连接。本发明解决了自动化测量多个微小电容的技术问题。本发明具有准确度高、稳定性好、自动化程度高等特点，适合长期测量使用。