本发明公开了一种高通量阶梯式数字PCR芯片，属于数字PCR芯片领域，包括芯片本体和收集管，芯片本体内设置有蓄油池和通往蓄油池底部的水相通道，水相通道的末端为一矩形生成口，生成口开设于蓄油池的侧壁并以蓄油池的侧壁作为生成阶梯，生成阶梯高度大于五十倍生成口高度，生成口宽高比大于3，蓄油池溢流连通至收集管，该芯片通过生成口的规格控制微滴大小，可大大提升生成口生成微滴的临界流速，加快微滴生成速度，更易实现更大的流量控制，同时流速的波动对微滴生成的影响不明显，此外，往蓄油池中继续补充油相可驱使微滴同时溢流到收集管，有利于实现高通量检测，并减少微滴贴壁，使检测结果更加准确。