本发明公开了唐菖蒲伯克霍尔德菌及其椰毒致病变种特异性新分子靶标及其快速检测方法，属于分子生物学与微生物检验技术领域。本发明的核苷酸序列组合作为被检测靶标在鉴别唐菖蒲伯克霍尔德菌及其椰毒致病变种中的应用，所述核苷酸序列组合如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示。本发明无需经过生理生化鉴别即可检测到唐菖蒲伯克霍尔德菌，可弥补生化试验不能鉴定高毒型唐菖蒲伯克霍尔德菌椰毒致病变种的缺陷，检测时间短、成本低、操作简单、特异性强；本发明可弥补现有分子检测与分子分型唐菖蒲伯克霍尔德菌特异性差和缺乏高毒型唐菖蒲伯克霍尔德菌椰毒致病变种方法的缺陷，检测结果更准确，结果判定更简单，实用性更强。