本发明公开了一种基于二维程序频谱的多缺陷定位方法、系统及设备，本方法根据测试用例集对源程序进行数据提取，获得数据提取信息；根据数据提取信息划分失败测试用例集和成功测试用例集，对失败测试用例集中的每个失败测试用例进行聚类分析；将每个缺陷的失败测试用例子集分别与成功测试用例集结合，获得每个缺陷的测试用例子集；对每个缺陷的测试用例子集进行特征转换，获得每个缺陷的测试用例子集的二维程序频谱；构建缺陷定位模型，基于缺陷定位模型和二维程序频谱，获取每个缺陷的测试用例子集的语句怀疑度列表；融合所有语句怀疑度列表，获得多缺陷定位报告；通过多缺陷定位报告定位多个缺陷。本发明能够提高多缺陷定位的精确度和效率。