本发明公开了一种太阳能采暖系统及其控制器，设置与联箱连通的防冻换热箱，其内填充有不互溶的防冻液和相变储能介质，防冻换热箱和联箱对应防冻液的部分相连通，用于保持循环化冻后防冻液液面高度恒定，防冻换热箱内还设置换热器，在防冻换热箱和联箱间设置有循环化冻管路，循环化冻管路包括自适应导通的循环三通管路。本发明通过设置漂浮在防冻液顶部的相变储能介质，在增加储能量的同时，联箱和集热管底部连通，在储能介质凝固后，储能介质凝固后体积减小，配合防冻液可形成液流的微通道，便于后续防冻液流经化冻，同时设置循环化冻管路，以使得在相变储能介质凝固时，高温的防冻液还可在联箱和防冻换热箱间的循环，起到换热及化冻作用。