本发明公开了一种水中超大沉井台阶渐进式取土下沉施工系统，包括：沉井、多功能驳船、取土平台、管线和破取土设备，所述多功能驳船位于所述沉井旁侧，所述多功能驳船上集成供水设备和供气设备，所述取土平台设置于所述沉井顶部，所述管线包括供气管和供水管，所述破取土设备设置于所述取土平台上且包括空气吸泥机、双头绞刀设备和气水同轴射流设备，其分别对应通过所述供气管和供水管连接所述供水设备和供气设备，所述空气吸泥机连接有排泥管。本发明还公开了一种水中超大沉井台阶渐进式取土下沉施工方法。本发明系统中将各设备及管线高度集成化，使得设备相互不干涉，管线排布规整，方法采用台阶渐进式取土，施工效率高，施工安全性高。