本发明提供了一种燃料电池系结构的辅助部件组，包括以下步骤：S1：燃料电池模块的设计：将辅助部件组和电堆分别独立拆分设置；S2：辅助部件组的模块化设计：包括部件总成模块设计和系统布局模块设计，部件总成模块设计为各个辅助部件组的安装设计，系统布局模块设计为辅助部件组的管路布局设计。本发明能够解决现有在系统的开发过程中，由于受整车空间限制，不得不将各个辅助部件组固定在燃料电池电堆上，这样做虽然整个系统体积非常紧凑，但使得电堆维修难度大，若要更换电堆，几乎需要将整个系统都拆掉的技术问题。