本发明公开了一种重叠染色体自动计数方法，步骤S100，根据算法自动提取重叠染色体二值图像骨架；步骤S200，根据所述染色体图像骨架，定位重叠染色体骨架的交叉点；步骤S300，根据上述步骤所述染色体骨架定位染色体端点，根据所得染色体交叉点及端点自动识别重叠染色体中的单条染色体数量。本发明提出的基于形态学的重叠染色体自动计数方法，利用重叠染色体的重叠特征提取染色体骨架，使用自动识别算法实现了重叠染色体自动识别计数，有效提高了染色体分析过程的效率和准确性。