本发明提供一种沉陷水工建筑物的复建方法，包括：步骤1、水下探查；2、场地处理；步骤3、搭建施工平台；步骤4、设计桩基方案；步骤5、按照步骤4中提供的桩基方案，实施桩基施工；所述桩基贯穿沉陷建筑物并与沉陷建物形成整体；所述桩基包括第一阶段桩基和第二阶段桩基；步骤6、形成建基面：对沉陷建筑物的顶部清理，水下自流平混凝土找平，形成平面，结合桩基、上部荷载，在沉陷建筑物的顶部建立建基面；本发明整个过程避开了大范围围堰施工、深基坑施工、拆除等传统方法的关键步骤，变沉陷建筑物为有利的基础，实现了突破，克服了一般传统方案的不足。