本发明提供了一种青稞矢车菊素丙二酰基转移酶基因及其用途，属于基因工程领域。本发明发现了青稞中的一种新的基因(核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示)，该基因表达的蛋白(氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示)可以将矢车菊素3‑O‑葡萄糖苷转化为矢车菊素3‑O‑丙二酰葡萄糖苷，提高青稞的保健价值。本发明将该基因转移到烟草中，使得烟草植株中表达矢车菊素丙二酰基转移酶，进一步产生矢车菊素3‑O‑丙二酰葡萄糖苷，提高了烟草植株的价值。本发明提供的新的基因，及其重组载体、重组菌、转基因植物均具有良好的应用前景。