本发明公开了一种百纳米级栅极凹槽的刻蚀方法，包括以下步骤：先在半导体外延片上依次形成第一导电金属层、光刻胶层和第二导电金属层，再进行电子束曝光，再对第二导电金属层进行刻蚀，再对光刻胶层进行显影和定影暴露出栅极凹槽区域，再对栅极凹槽区域进行刻蚀形成栅极凹槽，再剥离光刻胶层后对第一导电金属层进行刻蚀，即可形成百纳米级的栅极凹槽。本发明通过在光刻胶底部及顶部分别溅射薄层导电金属，抑制了电子束光刻过程中的电子临近效应及背散射效应，大幅提升了百纳米级栅极凹槽的刻蚀精度。