本发明公开了一种基于现场实测数据的潮汐边界条件反演方法及系统，应用于计算技术技术领域，包括：建立地下水渗流模型；对地下水渗流模型进行降水开挖模拟形成分析模型；对靠海侧的强透水层进行孔压时程分析形成孔压振幅模型；将靠海侧强透水层孔压振幅输入孔压振幅模型，并接收对应的边界孔压振幅；根据孔压振幅模型输出的边界孔压振幅进行分析模型的围护结构力学响应分析。本发明通过孔压振幅模型生成技术，可以对基坑的整体情况进行较为准确的模拟，并且由于建立了边界边界孔压振幅和靠海侧强透水层孔压振幅直接准确的对应关系，使得模型使用过程也会非常简便，有利于大规模进行推广。