在燃料电池系统中，获取燃料电池系统的运转停止请求，并获取下一次的车辆运转开始时机，在获取到运转停止请求和下一次的车辆运转开始时机之后，在规定时机计算第一能量成本和第二能量成本。第一能量成本是从规定时机起执行停止控制之后根据下一次的车辆运转开始时机来执行使用了加热器的暖机控制直到燃料电池的暖机完成为止所需的能量成本。第二能量成本是在从规定时机起至下一次的车辆运转开始时机为止继续进行燃料电池的运转以将燃料电池的温度维持在暖机温度的情况下所需的能量成本。而且，在获取到运转停止请求之后，在第一能量成本大于第二能量成本的期间，继续进行燃料电池的运转使得燃料电池的温度维持在暖机温度。