本申请公开了一种原子束光钟光束指向控制方法及装置。装置包括激光源、反射镜、分束镜、两个CCD成像系统、带压电调节器的光学调整架、压电控制器、计算机和原子炉等。该方案可以消除由于温度变化、光学调整架形变或微小震动引起的激光在传输过程中的漂移或快速抖动，通过对光束指向位置坐标的实时监控和数据采集，并引入反馈调节，达到控制原子束光钟光束指向的目的，并且可以验证控制光束变化的精度。由于是对反射光路进行反馈控制，不影响原光路激光与原子束的作用，将改善后的激光与原子束作用可以显著提高原子钟稳定度指标。且本方案结构简单、实用性强，通过实时反馈控制，能有效地控制光束指向，可实现小型化模块。