本发明涉及NOX2基因缺陷rd1小鼠模型及其制备方法和应用，属于生物技术领域。本发明提供了一种制备NOX2基因缺陷rd1小鼠模型的方法，所述方法通过将NOX2基因敲除小鼠和rd1小鼠经杂交和筛选，得到了NOX2基因缺陷rd1小鼠模型；使用所述方法制得的NOX2基因缺陷rd1小鼠模型视网膜外核层感光细胞丢失明显延迟，小胶质细胞活化显著抑制，小胶质细胞中NOX2表达明显减少，这不仅进一步验证了小胶质细胞中NOX2活化是遗传性视网膜变性的致病机制，而且为筛选和研发作用机制更明确、特异性更强、更有上市和临床应用前景的治疗和/或预防视网膜变性的药物提供了基础，极具应用前景。