本发明提供一种全息穿透成像雷达杂波抑制方法、装置、系统及介质，获取全息穿透成像雷达回波数据及其背景对消处理后的回波数据；对全息穿透成像雷达回波数据进行奇异值技术处理；将所述全息穿透成像雷达回波数据奇异值技术处理后得到的回波矩阵作为降噪自编码器的输入，将全息穿透成像雷达回波数据背景对消处理后的回波数据作为降噪自编码器的输出，对降噪自编码器进行训练，得到训练好的降噪自编码器；将待测区域的全息穿透成像雷达回波数据进行奇异值技术处理，将处理得到的回波矩阵输入到训练好的降噪自编码器中，得到杂波抑制后的目标回波矩阵。本发明相对于奇异值分解技术，能够更有效抑制雷达回波中的杂波，改善成像质量。