本发明公开了一种适应出线隔刀不同安装位置的T区保护方法及系统，采集隔离刀闸位置信号、两端运行压板投退状态信号以及边断路器、中断路器及出线断路器电流；若隔离刀闸位置信号、两端运行压板投退状态信号分别为隔离刀闸位置开入信号且两端运行压板投入信号，则为两端运行方式，否则为三端运行方式；当判断为两端运行方式时，依据边断路器、中断路器电流进行差动保护或依据边断路器、中断路器和出线断路器电流进行过流保护；当判断为三端运行方式时，依据边断路器、中断路器和出线断路器电流进行差动保护。优点：适应出线CT在出线隔刀内侧或外侧的布置形式，能够快速可靠切除出线CT在隔离刀闸内侧，刀闸退出时，CT和刀闸之间的死区故障。