本发明提供基于深度学习检测的频谱监测大数据清洗方法及系统，包括：该系统包括数据采集模块、信号检测模块、多信号分离模块、信号测量模块、信号压缩模块和信号标签注入模块。该方法的步骤具体包括：实时接收宽带电磁频谱监测信号；生成时频域矩阵；利用信号检测算法检测时频域矩阵中的所有信号；对时频域矩阵中分布的多个检测信号进行独立性分离；对分离后的信号进行核心参数测量；对分离后的信号进行抽取压缩；标注压缩信号。本发明具有易于开发、有效节约数据库存储量、并能增加单位数据库信息量等优点。