本发明公开了一株高产FK228的工程菌株E264Δtdp::R‑tdp‑dep，其是利用Burkholderia thailandensis E264Δtdp为出发菌株，通过位点特异性重组的方法在其基因组上整合了组合生物合成基因簇R‑tdp‑dep获得。本发明还公开了所述工程菌株在发酵制备FK228中的应用。实验证实：本发明的工程菌株E264Δtdp::R‑tdp‑dep产FK228的量达到了350mg/L，是目前FK228生产菌株产量的近18倍。本发明的技术方案极大地提升了FK228的产量且降低了发酵成本，缩短了发酵生产周期，为FK228的规模化制备和开发组蛋白去乙酰化酶抑制剂类药物奠定了基础，具有显著的经济价值和社会效益。