本发明属于化学化工技术领域，具体为一种连续流制备青霉素亚砜酯的方法，双氧水与催化剂溶液混合配制成氧化剂，氧化剂与青霉素G钾酯化物进行连续流氧化反应，氧化反应液用亚硫酸氢钠水溶液进行连续流淬灭反应后经过后处理得到青霉素亚砜酯(GESO)。所述催化剂为杂多酸类催化剂和相转移催化剂，本发明方法，操作简单，提高了该反应单元安全性，具有可持续性，较传统间歇反应方式单位面积产能高，环境友好等优点，使用本发明的制备方法转化率达到100％，选择性达到99％，分离收率达到96％，含量大于99.5％，单一杂质含量指标均达到原研工艺标准。