一种电力生产系统内部的综合恶意代码检测系统及其方法，包括：在厂站中的厂站终端上设置有防恶意代码客户端软件，防恶意代码客户端软件用于查杀厂站终端上的恶意代码并形成历史记录消息；生产控制大区内设有管理大区采集机；所述厂站终端与管理大区采集机相连；所述厂站终端与管理大区采集机均同附设服务器相连；有效避免了现有技术中防恶意代码客户端软件形成的历史记录消息只保存在本地而不传送到管理大区采集机、使得管理大区采集机采集的消息不够完整、管理大区采集机的消息拥堵使得传递期间历史记录消息遗漏的缺陷。