本发明提供一种双芽蔗段横向种植机耕深自动控制方法与系统，属于农业机械自动化技术领域，方法包括以下步骤：设置负载压力阈值，耕深作业阈值，获取悬挂机组的的姿态信息，根据获取的种植机油缸压力信息，判断悬挂机组液压油缸受力是否在负载阈值内，激光传感器实时测距，计算出悬挂机组整体下放高度，控制力执行机构对液压缸的三点悬挂下放点进行匀速调整，耕深达到设定值以后，发送开始耕种指令，实时反馈耕深，以及后犁的入土角度。在双芽蔗段横向种植机开始工作时，通过传感器实时检测耕深，从而依据实验平台提前算好的系数k间接得到油缸伸长量。能够极大程度上减少因人的误判导致的耕深不够而使覆土浅，使种植达不到最佳效果的情况。