本发明涉及一种异质结太阳电池生产系统及靶材清理机构，需要对靶材进行清理时，驱动组件带动清理环沿靶材的延伸方向移动，从而使得靶材插入清理腔内，进而能够利用至少两个清理件对靶材的表面进行清理，能够将搭在靶材与挡板之间的破损的硅片的碎片进行清理，避免靶材发生短路；同时，还能够对靶材表面上的粉尘进行清理，减少溅射过程中的原核点，还能减少靶材结瘤，提高镀膜品质，生产的薄膜的性能优良；并且，不需进行降温开腔清理，从而不需在清理后进行抽真空与升温，生产效率高，提高了产能。