本发明公开了一种基于深度学习的甘蔗种筛选系统，包括预处理传送装置、合格蔗种传送装置、图像识别装置、筛选装置和不合格蔗种传送装置，预处理传送装置将成堆的蔗种整理为单根输送状态进入合格蔗种传送装置便于图像识别装置识别及筛选装置剔除劣种；本发明还公开了使用该系统筛选甘蔗种的方法，基于深度学习的卷积神经网络来构建劣种特征识别系统，能够识别检测切口距蔗芽过近、切口破损、蔗芽过长、附有虫洞、长有裂纹等不利于甘蔗生长的表面特征，并进行智能筛选及剔除不合格劣种为预切种式甘蔗切种机及切段式甘蔗收获机等所产生的甘蔗段形态蔗种的筛选提供一种有效的方式，可以有效提高甘蔗劣种筛选率、降低甘蔗种植成本及人工劳动强度。