本发明公开了一种河道多层式生态保护修复装置及方法，包括浮基，所述浮基上设有种植孔和基柱且所述基柱之间连接有太阳能板，所述浮基侧面设有贯通的进水口和浮筒，所述浮基底部四周通过绳体连接配重块，所述绳体之间连接有柔性网，所述浮基上还设有曝气机，所述曝气机下方连接曝气管且贯穿所述浮基，所述曝气管底部连接第一和第二曝气盘，固定柱设于河岸用于连接所述浮基，且多个所述浮基之间通过连接组件连接，所述浮基侧面设有灯带。本发明通过将装置布设在河道并浮于水面，利用在浮基种植孔内种植的水生物，辅以菌落群微生物治理河道，同时通过太阳能板蓄电为曝气机供电，使得曝气机在水下辅助净化水体。