本发明公开一种永磁同步电机控制系统高阻抗连接故障诊断系统，参考模型模块输出离散化参考模型电流，离散化参考模型电流和离散化电流输入到电压失真模块中，电压失真模块得到的平均失真电压和电机控制系统输出的电流输入到故障特征信号模块中，故障特征信号模块得到的故障特征信号输入到故障信号提取模块，故障信号提取模块提取出振幅和初始相位角，振幅、初始相位角和电机控制系统输出的电流共同输入到故障诊断定位模块中，故障诊断定位模块根据初始相位角的大小判断出故障位置；本发明通过计算出的失真电压以及根据分解故障诊断信号直接获得单相或双相故障类型，根据附加电阻大小关系判断故障严重程度。