本发明一种内河航道生态护岸工程实施效果综合评价方法，属于生态环境保护领域，针对现有内河航道生态护岸工程实施效果评价方法及其生态恢复效果长期跟踪监测的局限和不足创建，包括内河航道生态护岸工程综合评估指标体系、基于内河航道生态护岸工程综合评估指标体系的各分项指标权重及评分准则体系、基于护岸工程生态符合性指数(ECIR)的内河航道生态护岸工程实施效果评价准则体系这三个部分，为内河航道生态护岸工程的实施效果评价提供了清晰、完整、详实、可定量化的评价准则体系，从而为指导内河航道生态护岸的结构设计、材料选择、工程建设及生态恢复效果长期跟踪监测提供一种简便、易行及经济的评价方法。