本发明公开了一种基于干扰观测器的涡扇发动机切换系统的输出跟踪控制方法，包括以下步骤：步骤1，考虑未知外部干扰，构建涡扇发动机多模型线性切换系统；步骤2，基于步骤1构建的涡扇发动机多模型线性切换系统，设计干扰观测器以实现对未知干扰的精确估计；步骤3，引入输出跟踪误差积分环节以消除稳态跟踪误差；基于干扰估计值与跟踪误差的动态补偿，设计H∞输出跟踪控制器；步骤4，设计状态依赖切换律，以保证涡扇发动机多模型线性切换系统的稳定性。本发明能够使得涡扇发动机在每个子系统可能不稳定的情况下依然能消除干扰影响并渐近地跟踪上期望的参考轨迹。