本发明公开了一种闸门液压启闭机双缸自适应控制方法、存储介质及控制器，其中，方法包括步骤：S1液压启闭机的左缸和右缸分别以上一次记录的最佳左缸比例伺服阀电压和右缸调节比例伺服阀电压为初始值进行启闭门；S2获取启闭门时左、右缸活塞杆行程差；S3以行程差为基准，基于基准，利用偏差积分计算积分偏差；S4基于积分偏差实时调节左、右缸调节比例伺服阀电压，直至行程差的绝对值小于第一阈值后，左、右缸保持当前状态启闭门，并以此时的左、右缸调节比例伺服阀电压作为下一次启闭门的初始电压；实现了行程差的自适应调节，减少了左右缸行程不同步的纠偏调节次数，延长了设备使用寿命，降低了调节时油压对机械设备的冲击和由此引起的振动，提高了弧门运行的稳定性和可靠性。