本发明公开了一种鉴别基因Ⅰ型、Ⅲ型、Ⅴ型乙脑病毒和盖他病毒的方法及其试剂盒，属于病毒分子检测领域。为克服临床上缺少对基因Ⅰ型、Ⅲ型、Ⅴ型乙脑病毒和盖他病毒鉴别的方法，本发明提供一种基因Ⅰ型、Ⅲ型、Ⅴ型乙脑病毒和盖他病毒的鉴别方法以及引物和探针，所涉及引物和TaqMan探针是依据乙脑病毒的prM/M基因保守区和盖他病毒的E2基因保守区进行设计，其可以有效鉴别乙脑病毒和盖他病毒，具有较高特异性和灵敏度的优点，可以为乙脑病毒和盖他病毒基因型的快速检测、临床诊断以及流行病学调查提供更好的方法支持。