本发明涉及一种导航卫星综合电子系统，包括：星载计算机，被配置为执行所有的算法和自主管理功能；数据处理终端，被配置为接收由所述星载计算机发出的指令，并将采集的载荷设备数据返回到所述星载计算机；所述星载计算机和数据处理终端通过1553B总线通信；所述星载计算机和数据处理终端通过所述1553B总线相互构成远端存储，在单机掉电恢复后，从远端恢复数据；所述1553B总线统一连接星载计算机单元与多个卫星分系统，并为所述卫星分系统的设备保留电气接口；以及综合电子系统软件，所述综合电子系统软件包括星载计算机软件正常模式、星载计算机软件最小模式、数据处理终端软件和FPGA软件。