本发明涉及一种生物基共聚酯及其制备方法和应用。所述制备方法包括如下步骤：(1)在催化剂下，将二元酸或其相应的二酯类化合物与1,3‑丙二醇或1,3‑丙二醇和其它二元醇混合进行酯化或酯交换反应，其中所述二元酸包括2,5‑噻吩二甲酸和1,4‑丁二酸，得到预聚体；(2)将所述预聚体与所述催化剂进行真空缩聚反应，得到所述生物基共聚酯。本发明通过无规共聚的方式在共聚物分子主链中引入刚性不对称的2,5‑噻吩二甲酸单元和短链的1,3‑丙二醇单元，可以在改善共聚酯材料耐热性能的同时，增强其水汽阻隔性能。