本发明公开了一种非诊断目的的基因定位方法，适用于不同形态的DNA，所述不同形态的DNA包括环形单链DNA和线性双链DNA，具体操作步骤包括：首先通过PCR将环形单链的DNA变成双链DNA以及将线性双链的DNA变成合适长度的双链DNA，加入限制性核酸内切酶消化后得到具有“缺口”的DNA链，再加入三嵌段引物与DNA连接酶，从而得到所需模板，最后加入DNA折纸探针，利用PCR退火使得模板捕获到游离的DNA折纸探针，经过原子力显微镜表征达到可视化的基因定位。本发明的基因定位的方法可以对6‑7个碱基进行放大定位，具有更高的精确性，同时本方法具有生物样本多态性、高分辨、可视化、快速检测的优点。