本发明提供了一种菌落计数方法，包括以下步骤：S1、对获取的培养皿图像进行预处理，得到培养皿区域图像H(x)；S2、采用基于均值滤波的去雾算法对培养皿区域图像H(x)进行处理，得到去雾图像G(x)；S3、获取去雾图像G(x)中各个菌落图像的轮廓，根据菌落图像的轮廓上的凹点对去雾图像G(x)进行分割，分割出各个菌落图像的轮廓，统计菌落图像的轮廓的数量。本发明的菌落计数方法能够实现对菌落的快速计数，提高菌落计数的速度与精确度。