本发明公开了一种全自动液体样本处理系统及处理方法，其涉及实验仪器的技术领域，处理装置包括：机箱，设置在机箱内的三轴运动模组、扫码模组、摇匀模组、钳盖模组、装拔盖模组、移液枪及电动夹爪；本发明采用移液枪进行采样，保证了移液的准确性，同时通过电动夹爪及装拔盖模组装拔采血管管盖来打开采血管，不破坏盖子的密封性因此能很好的解决因密封性而造成的误差。液体转移到顶空瓶后，又通过钳盖模块进行钳盖，能保证移液后的密闭性同时也减少了人员操作，避免对操作人员的感染，减少操作人员的工作强度，提高生产效率和减少人员操作带来的误差，同时提供取样的准确性及良好的密封性。