本发明公开了一株棘孢木霉6S‑2及其在减轻苹果连作障碍中的应用，属于农业微生物技术领域。所述棘孢木霉6S‑2的生物保藏号为：CGMCC NO.23275，该菌株是一株内生菌，且对ARD专化型层出镰孢菌MR5和多种病原菌均具有拮抗作用；具有蛋白酶、纤维素酶、淀粉酶和漆酶等活性；分泌铁载体、生长素和产生氨气，且具有一定的溶磷能力；发酵萃取液具有抑菌和促生的活性；挥发性物质也具有抑菌能力。孢子液施加到连作苹果园土壤中，可减少植物的氧化损伤，促进苹果砧木生长，减轻苹果连作障碍。