本发明提供一种乳制品巴氏杀菌灭菌系统及其灭菌储存罐，涉及储存罐技术领域，以解决现有的乳制品巴氏杀菌灭菌储存罐在使用时，由于取样口位于浆液内的高度不易调节，难以进行分层取样，同时浆液受到搅拌的影响，取样处流动不够平稳，导致分层取样结果的准确性较差，而且储存罐空腔底部容易沉积料渣，清理过程麻烦的问题，包括储存罐本体；所述储存罐本体顶部设有第一电机，第一电机底部的轴杆贯穿储存罐本体顶壁，且轴杆上设有搅拌扇叶，并且搅拌扇叶位于储存罐本体空腔内。本发明中由于取样口位于两处导向板之间，利用恢复弹簧的弹性作用，使两处导向板对搅动后的浆液进行缓冲，保证取样架内的浆液流动稳定，从而提高分层取样结果的准确性。