本申请揭示了一种基于多计数器的休眠式计算机病毒发现方法，所述方法包括：第一可移动终端执行第一训练指令；执行第一验证指令；执行第一示数判断指令；执行第一地理位置发送指令；第二可移动终端执行第二训练指令；执行第二验证指令；执行第二示数判断指令；执行第二地理位置发送指令；持续进行训练指令、验证指令、示数判断指令和地理位置发送指令的执行处理；服务器执行终端划分指令，以聚类为m个终端群；执行聚集位置发送指令；分别执行指定短距离通信网络构建指令；执行病毒发现指令，从而在具体地病毒发现过程中不依赖服务器的前提下，实现了休眠式计算机病毒的发现，并利用计数器实现自动生成执行病毒发现指令的目的。